Depuis sa création en 1860, l'AIU a conservé l'essentiel de la correspondance entre le Comité Central et le personnel enseignant en poste dans les écoles autour de la Méditerranée et dans les Balkans.
Ces archives jusqu'à la seconde guerre mondiale en 1940 constituent le fonds Archives historiques.
Pendant la guerre, elles sont emportées par les Allemands. On en retrouve l'essentiel à la Libération.
Une autre partie, elle aussi spoliée par les Allemands, a été confisquée à la fin de la guerre par l'Armée Rouge. Ces archives ont été conservées par les services secrets russes, et restituées à l'AIU seulement en décembre 2000. Elles constituent les Archives de Moscou et comprennent notamment un fonds précieux : les fiches du personnel de l'AIU.
Après la guerre, les Archives d'après - guerre, font l'objet d'un nouveau fonds illustrant la réorganisation de l'AIU.
Le fonds Procès-Verbaux du Comité Central (1860-1976) retrace l'histoire de l'institution.

En outre, le fonds des Archives de la Délégation de l'AIU au Maroc, couvre la période 1933-1956; il contient principalement la correpondance entre la Délégation de Casablanca et le Comité Central.

Plusieurs organisations ont souhaité déposer tout ou partie de leurs archives à l'AIU : Consistoire Central, CRIF, OSE, CECJF, permettant ainsi leur consultation aux étudiants et chercheurs fréquentant la bibliothèque.
De même, diverses personnalités du judaïsme et leurs familles ont souhaité donner ou déposer leurs archives personnelles, parmi lesquelles : Paul Bauer, Jean Ellissen, Elian Finbert, Henri Hertz, Kruger, Bernard Lazare, Jacques Lazarus, Sarah Leibovici, Edmond Maurice Lévy, Bernard Mélamède, Pierre Mendès France, Rachel Minc, Louis Oungre, Isidore Simon.